W nieswoistym zapaleniu jelita niezmiernie istotne jest wczesne i prawidłowe rozpoznanie oraz wdrożenie optymalnego leczenia w celu poprawy stanu zdrowia zarówno w krótkim (leczenie zaostrzeń choroby) jak i odległym czasie (zapobieganie nawrotom choroby). Brak prawidłowej diagnozy może prowadzić do licznych komplikacji w tym, między innymi, do wyniszczenia organizmu lub niepotrzebnych interwencji chirurgicznych. Opóźnienie rozpoznania wynika z mało charakterystycznej i bogatej często wielonarządowej, manifestacji klinicznej choroby, której pierwsze objawy są często bagatelizowane przez chorych lub nawet uchodzą ich uwadze. Drugą przyczyną jest niedostateczna znajomość tego zespołu wśród lekarzy pierwszego kontaktu i stosunkowo rzadkie wykonywanie badań endoskopowych jelita.
Rozpoznanie opiera się na ocenie objawów klinicznych, wyników badań laboratoryjnych, obrazu endoskopowego, radiologicznego i ultrasonograficznego oraz na ocenie mikroskopowej wycinków jelita (histopatologia) pobranych w trakcie biopsji.
Ze względu na różnorodne i niezwykle bogate i często niespecyficzne objawy choroby w celu postawienia prawidłowej diagnozy należy wykluczyć inne jednostki chorobowe w tym:
- zakażenie bakteryjne ( Yersinia, Campylobacter, Salmonella, Shigella, Eschericha coli, gruźlica), i pasożytnicze (pełzakowice, schistosomiaza, Giardia lamblia, Cryptosporidium, Entamoeba), chlamydiami, lub cytomegalowirusem;
- zapalenie wyrostka robaczkowego;
- zespół jelita wrażliwego (irritable bowle syndrom -IBS), zaparcia, chorobę wrzodową żołądka lub dwunastnicy, alergie pokarmowe (nietolerancję laktozy jeśli mamy do czynienia z bólami w okolicy pępka lub w nadbrzuszu), chorobę trzewną (nietolerancję glutenu) i alergiczne zapalenie jelita grubego – częste u dzieci, spowodowane np. alergią na białko mleka krowiego;
- szczelinę odbytu, polipy jelita grubego, guzki krwawnicowe. uchyłek Meckela, gdy stwierdzamy krwawienie z odbytu bez towarzyszącej biegunki;
- zespół hemolityczno-mocznicowy, chorobę Schönlein-Henocha, w przypadku krwawej biegunki;
nadużywanie środków przeczyszczających gdy obserwujemy wodnistą biegunkę; - jadłowstręt psychiczny jeśli wiodącymi objawami są brak łaknienia i spadek masy ciała;
- kolagenozę lub zakażenie gdy obserwujemy wyłącznie zmiany stawowe;
- przewlekłe zapalenie wątroby jeśli przeważają objawy ze strony tego narządu,
- popromienne zmiany w jelitach;
- zapalenie jelita jako skutek zażywania antybiotyków lub niesteroidowych leków przeciwzapalnych lub rzekomobłoniaste zapalenie jelita grubego, które może pojawić się nawet po 3 tygodniach po kuracji antybiotykiem ( obecność Clsotridium difficile oraz produkowanych przez niego toksyn);
- chłoniaka złośliwego, zapalenie węzłów chłonnych krezki, lub torbiel jajnika jeśli dolegliwości dotyczą prawego dołu biodrowego, wgłobienie jelita (u małych dzieci);
- zaburzenia hormonalne u dzieci, gdy dominującym objawem jest opóźnienie wzrostu.